X-Meni. Narodili se s jedinečnou genetickou mutací, která jim umožňuje vládnout nadpřirozenými schopnostmi. Pod vlivem profesora Charlese Xaviera (Patrick Stewart) slouží lidstvu. Chrání svět. Ten jim však nedůvěřuje a bojí se jich. Po nesmyslném pokusu o atentát na prezidenta Spojených států, který údajně spáchal neznámý mutant, se veřejnost dovolává zákona, který má mutanty dostat pod kontrolu. V čele militantně anti-mutantniho hnuti stojí armádní velitel a vědec William Stryker (Brian Cox), o němž se tvrdí, že na mutantech prováděl pokusy. Mutanty nenávidí a hodlá je totálně zlikvidovat. Když zjistí, že jeho vlastní syn je mutant, bez milosti ho zabije. Stryker měl v minulosti co do činění také s Wolverinem (Hugh Jackman) a zná tajemství jeho minulosti. Když Wolverine pátrá po svém původu, uvede Stryker do pohybu svůj anti-mutantní program. Jsou však i mutanti, kteří se proti lidské civilizaci postavili. Jeden z nich, Magento (Ian McKellen), právě unikl z vězení. Je nepřítelem X-Menů. V situaci, kdy se všichni mutanti stali štvanci, navrhne X-Menům spojenectví proti společnému nepříteli - Strykerovi. X-Meni i jejich spojenci se spolu vydávají na nejnebezpečnější misi v životě.